瘋 iGEM─Venus Marvel

2013/02/18

吳婉甄

國際基因工程生物競賽 ( International Genetically Engineered Machine competition, iGEM ) 系列報導中,Connectome 這次將進一步介紹 2012 年 iGEM 陽明團隊。陽明大學是台灣第一個參加 iGEM 的隊伍,自 2007 年生物資訊研究所張傳雄老師帶領以來,年年屢獲佳績,今年更以「Venus Marvel」為題,在亞洲區獲得金牌,晉級世界決賽。在為期一年的參賽過程中,究竟有什麼樣的收獲與啟發,就讓 Connectome 來為大家介紹。

- 此篇為 iGEM 系列報導 2012 陽明隊專訪 -

陽明 iGEM 簡歷

2007 年 iGEM 金牌 2008 年 iGEM 銀牌 2009 年 iGEM 銅牌 2010 年 iGEM 銀牌 2011 年 iGEM 金牌 & Advanced to Championship 2012 年 iGEM 金牌 & Advanced to Championship ..

Before iGEM

今年陽明的團隊是由去年曾參加過 iGEM、已有一年經驗的醫學系陳仕豪同學所帶領,從 2011 年一月份的招生說明會開始,吸引了將近四十位不同系所的同學加入,之後隨著時間經過漸漸剩下約十五人的團隊。最初,大家加入 iGEM 的原因都不盡相同,也許是為了在大學生涯留下一些紀錄、做一件自己不會後悔的事,或是想去名校與世界大學生交流,每個同學都抱著不同的期待,因 iGEM 而聚在一起。參加 iGEM 不但能習得實驗方法,相較於到實驗室當暑期實習生,它更多了腦力激盪和親自蒐集材料、實踐創意的訓練過程。然而,除了繁重的課業壓力、大學生必備社團活動,有些同學還有專題實驗室必須兼顧,因此每次只能利用假日晚上的時間開會討論,雖然忙翻天,但大家卻一致同意,只要有心,還是能夠擠出時間。 .

iGEM ing

腦力激盪 擬定題目!

開始大家先將自己的想法發表在 WIKI 上,並於每次的會議中進一步討論,藉由討論刪掉較不可行的提案。回過頭來看,被刪掉的題目不可勝數。雖然一開始大家對題目選擇的意見分歧,但團隊並沒有因此而分裂,不同小組的成員仍然會彼此討論實驗進度或所遇到的問題。直到剩下數個題目勝出時,大家便開始專注尋找相關文獻,因為題目不僅要有創意,更需證明其可行性當最後剩下“內共生”及“金星人”兩個主題時,大家遲遲難以抉擇,經過一而再、再而三的不斷討論,終於決議將兩個點子合而為一,今年的題目也正式誕生。討論題目的過程或許在旁人眼中看來相當耗時,但是仕豪自信的說,這個思考辯論的過程還是很珍貴的。所以在下個年度最初的腦力激盪階段,仍鼓勵團員們不要受限,盡情天馬行空的發想,之後再來尋找解決問題的辦法,這樣才可能激發更多可能性。

金星人 - 硫元素代謝路徑

2012 陽明 iGEM 團隊獲獎的作品,是用所謂合成生物學的方法,創造「金星人」,藉由來自生存於各種生存於極端環境的細菌之酵素,建立一套全新的硫元素代謝路徑,目前已成功應用於紙漿廠廢氣的處理。獲得評審激賞的基因,即是與硫化氫分解的相關組件,另外,該團隊還進一步應用李斯特菌的基因,以人工方式重現演化學上「內共生假說」並希望日後能將創造出來的菌轉殖入幹細胞中,以創造出可以在金星生活的生物體。 而與遠在花蓮的中華紙漿廠之合作契機,則始於指導老師張傳雄副教授和該廠技術人員的合作。張老師的實驗室目前正在進行微藻的研究,初步成果,已經於去年正式刊登於八月國際能源環境科學排名第一的頂尖期刊 Energy & Environmental Science,專利申請也正在進行中。目前技術平台正處於開發成熟階段,故學校積極爭取技術轉移和產學合作,讓團隊所開發的研究結晶獲得實質成果效益。而中華紙漿廠也由於廢氣、廢水的問題,長年與當地居民拉鋸。故性質相彷的兩者一拍即合,也促成 2012 陽明 iGEM 團隊長征花蓮測試基因組件的主因。團隊成員駱彥辰為首,和廠方擷取廢氣,並將其溶於水中,再用轉殖成功的微藻進行測試,果然有效減少含硫、碳、氮的有害分子。 Human practice Human practice 在 iGEM 的比賽中極為重要,主辦單位希望每個團隊都要思考該隊所做出的成果對人類而言是否有所助益?是否能增進人類的福祉、還是只限於實驗室的操作?所以今年陽明的團隊與中華紙漿廠、北投焚化爐、士林科教館以及北投溫泉接觸。經由與居民互動、走入人群,觀察這樣的研究是否具有商業價值,同時透過當面講解,讓更多人了解合成生物學以及這個競賽。然而,這次 human practice 仍屬於單向的消息傳遞,成員們希望下次能夠透過問卷跟居民有更多互動,也希望下一年度比賽時,可以得到不管是金錢或是提供問題作為題目等多方的幫助。 .

After iGEM

It’s not what you do, it’s how you do it ! 這次在 iGEM 的比賽過程中,張老師不斷告訴大家一個觀念:如何做才是最重要的。同樣一個題目世界上一定還有很多人在做,但是該如何脫穎而出,關鍵就在於“如何做”。 經過一年 iGEM 的洗禮,不僅改變了做研究的觀念,不想僅僅 repeat paper,在閱讀參考文獻時,也養成先看圖表、先看 raw data 的習慣,不希望因為先閱讀了文字說明而對實驗產生了先入為主的觀念。此外,也學會新的實驗技術,更學習到如何在實驗的過程中尋求外援,不管是在儀器設備或是生物材料(如細胞或菌種)上,都需要自己與其他國家的教授或參賽團隊連繫、尋求合作,也因此體驗交流與行銷的技巧,在會場時,利用與其他人合照、交換 e-mail 以保持聯繫,維繫日後合作的機會。由於今年團隊中較缺乏生物資訊領域的成員,所以目前團隊成員們最希望能與了解這個領域的對象合作。 對於下一年度題目的腦力激盪,建議同時著重創意和完成度,這次到 MIT,現場有很多的產業人士參與,評估題目商品化的可能性。前幾屆的比賽主要著重於創意,近年來因為參加的學校增多,因此,除了創意之外,完成性也是很重要的一個評分標準。

檢討與改進

尋求贊助 今年陽明隊伍的經費多由學校支付,但學校採總額預算制,參加的人越多,每個人所分到的經費越少。因此,團隊便向外尋找其他贊助,但也許是時間點不對,或大家對這個競賽不夠認識,故並未得到許多支援。

時間安排 因為今年賽程較為緊湊,從真正開始到參加亞洲區的比賽,僅有三個月的時間。也許未來可以提早一年做準備,拉長前期訓練的時間,讓大家的技術更純熟。

決賽問答 回答問題的流暢度是亞洲隊伍的共同問題。部份原因可能是語言隔閡,需要多加練習,可以在預講時模擬問題,並事先想好解決方法,同時指派最會回答的團員代表回答。

成果呈現及活動招生 今年在決賽現場,印象最深刻的是一個德國的團隊,穿著當地的傳統服飾推銷啤酒;此外,也有一隊利用螢光的技術幫其他團隊製作徽章。見識到各個團隊無不卯足全力推銷自己的作品,相形之下,台灣、甚至亞洲國家的隊伍都顯得較不重視包裝。從中體認到好的成果若缺乏包裝加以行銷實在可惜。希望下一年度招生時,特別強調 iGEM 賽程需要各式各樣的人才加入,不只是需要會做實驗的成員,廣告、行銷、動畫等每一種人才都非常的重要。   ..

受訪者 : 陳仕豪 李俊康 邱薰儀 陳奕崙 駱彥辰

採訪者 : Connectome 團隊 蔡宜璇 吳婉甄 蘇怡嫻 黃聖富

 

 
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